Voor kleinere sessies en parallelsessies biedt Naturalis verschillende flexibele ruimtes. Het balkon van het Auditorium en het Rooftop café zijn ideaal voor intieme bijeenkomsten. Vanaf de middag zijn ook het Atelier, de Tribune en de Werkplaatsen beschikbaar. Dan lenen ook het balkon op de vijfde verdieping en een deel van het Museumrestaurant zich goed voor workshops of breakout-sessies.
